熒光-PCR法中的普通PCR和qPCR引物設(shè)計(jì)原則有哪些區(qū)別呢？

　　一、二者的相同之處

　　序列的查找是一致的；

　　序列選取應(yīng)在基因的保守區(qū)段；

　　選取合適的擴(kuò)增片段大小

　　避免引物自身或與引物之間形成4個(gè)或4個(gè)以上連續(xù)配對(duì)；

　　避免引物自身形成環(huán)狀發(fā)卡結(jié)構(gòu)；

　　Tm值在55-65℃，GC含量在40%-60%；

　　引物之間的TM相差避免超過2℃；

　　引物的3’端避免出現(xiàn)3個(gè)或3個(gè)以上連續(xù)相同的堿基。

　　二、二者的不同之處

　　qPCR產(chǎn)物長(zhǎng)度PCR要求在300bp以內(nèi)，一般先選80-150bp之間；多對(duì)目的基因同時(shí)擴(kuò)增，文獻(xiàn)上查來的引物條件會(huì)不同，需要設(shè)計(jì)盡可能條件一致的引物；目的基因含量比較低時(shí)，需要設(shè)計(jì)靈敏度比較高的引物；相對(duì)電泳法，qPCR靈敏度比較高，對(duì)引物的要求更高，引物二聚體要少，熔解曲線要求單一產(chǎn)物；PCR的目的是進(jìn)行定量或者相對(duì)定量，對(duì)擴(kuò)增的效率有要求，對(duì)引物的二級(jí)結(jié)構(gòu)要求高。

　　普通PCR引物根據(jù)實(shí)驗(yàn)的要求不同，長(zhǎng)度一般是從150bp到幾千bp不等；對(duì)二級(jí)結(jié)構(gòu)要求沒有qPCR高；對(duì)擴(kuò)增效率要求不高；可選用梯度PCR儀，選擇不同退火溫度，對(duì)引物退火溫度要求不需要一致。